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Ex und Hopp
Produktübersicht: PCR-Verbrauchsmaterial

Wenn die PCR wieder einmal daneben gegangen ist, sollten Sie den Fehler nicht nur bei Primern, dNTP‘s oder Polymerase suchen. Vielleicht lag es auch einfach am Plastikmaterial.

In den Anfangszeiten der PCR war alles noch sehr übersichtlich: Im Gefrierschrank wartete die Taq Polymerase auf ihren Einsatz – andere Polymerasen gab’s noch nicht – die PCR-Primer hat man mehr oder weniger nach Gefühl zusammengeschustert, die Auswahl an Thermocyclern war sehr bescheiden und als Reaktionsgefäße dienten gewöhnliche Eppendorf-Cups. Wer heute eine PCR durchführen will, kann nicht nur bei Polymerase und Thermocycler aus dem Vollen schöpfen. Auch bei dem Plastikkram, der wie bei vielen anderen Arbeiten im Labor auch für die PCR unentbehrlich ist, bleibt kein Wunsch mehr offen. PCR-Gefäße können sie zum Beispiel perfekt an Ihr jeweiliges Laboroutfit anpassen. Die "Mini-Eimerchen" kriegen Sie in allen erdenklichen Farben, mit superdünnen Wandstärken, verschiedenen Deckelformen oder Beschriftungsfeldern.


Späte Erkenntnis

Inzwischen weiß ich auch, warum die PCR bei mir so oft in die Hose ging und statt einer einzigen scharfen Bande oft nur ein Geschmier zu sehen war, das sich über die komplette Länge des Gels erstreckte: Der Kunststoff der Reaktionsgefäße war schuld! Doch wirklich. Im Flyer der Firma Peqlab steht schwarz auf weiß: "Der Erfolg einer PCR-Reaktion beginnt beim Kunststoff." Und auch die Biotest AG aus Dreieich schreibt in ihrem Newsletter vom 14. September 2006, "dass das Plastikmaterial der PCR-Tubes die Ausbeute der PCR mindern kann." Ich vermute, dass meine PCR-Ansätze häufig am falschen Plastikmaterial der PCR-Tubes scheiterten. Heutzutage formen die allermeisten Hersteller ihre PCR-Gefäße aus reinem, nativem Polypropylen, das biologisch und chemisch inert ist, die Polymerase bei der Verlängerung der Primer also nicht stört. Große Granulatmengen sind für ein einzelnes Gefäß nicht nötig. Die Wände der PCR-Gefäße sind mittlerweile fast so dünn wie Haushaltsfolien – nur selten sind sie dicker als 300 Mikrometer. Das macht durchaus Sinn. Je dünnwandiger das Tube, desto schneller ist der Temperaturtransfer vom Heizblock des Thermocyclers in das Innere des Reaktionsgefäßes während der Heiz- und Kühlintervalle.

Bei den Deckeln der Reaktionsgefäße haben die Produktdesigner ihrer Kreativität freien Lauf gelassen. Die Palette der Deckelform reicht vom tiefer sitzenden, konisch erweiterten Verschlusszylinder mit Flachdeckel über den Deckel in Schornsteinform ("Chimney-Deckel") bis zum gewölbten "Dome-Deckel" (nicht zu verwechseln mit "Doom" wie Verhängnis).

Das sauberste Polypropylen nützt jedoch nichts, wenn bei der Produktion geschlampt wird und sich auf den frisch in Spritzgussformen gegossenen Tubes, DNasen, RNasen oder PCR-Inhibitoren niederlassen, die überall in der Luft herumschwirren. In den Produktionsräumen geht es deshalb zu wie bei der Herstellung von Computerchips. Die Fertigung erfolgt meist in Reinräumen, die nur weiß vermummte Gestalten betreten dürfen, die die weitestgehend automatisierten Produktionsabläufe überwachen.


PCR-Platten mit Rock

Wer die PCR in größerem Maßstab betreibt, gibt sich mit einzelnen PCR-Tubes meist nicht mehr zufrieden. Da müssen schon ein paar mehr her. Praktisch sind PCR-Streifen in denen acht oder zwölf Tubes wie auf einer Perlenschnur aufgereiht sind. Dazu passend gibt es Deckel-Streifen mit denen man alle acht beziehungsweise zwölf Tubes auf einen Schlag verschließt. Wem das immer noch nicht reicht, muss zu PCR-Platten greifen, die meist im 96-Well- oder 386-Well-Format angeboten werden. Die Plastik-Platten mit den vielen kleinen "Näpfchen" gibt es in drei mehr oder weniger "angezogenen" Ausführungen: Unbekleidet, ohne seitlichen Rand; mit einem Halb-Rock als Rand (semi-Skirted) oder mit einem Maxi-Rock als Rand (Skirted). Letztere sind insbesondere für Robotersysteme und Real-Time Thermocycler gedacht. Das "Maxi-Röckchen" kann man dann als Schriftfeld für einen Barcode verwenden.

PCR-Platten, die in der Regel aus Polypropylen oder Polycarbonat bestehen, lassen sich mit unterschiedlichen Verschluss-Folien oder -Matten abdecken. Bei den Folien können Sie zwischen selbstklebenden- und Heissklebefolien wählen. Bei ersteren zieht man einfach einen Schutzfilm ab und klebt die Folie auf die PCR-Platte. Für Heissklebefolien brauchen Sie einen "Sealer", der die Folien bei Temperaturen von knapp unter 200 °C und gleichmäßigem Druck auf die Platte presst. Die Anschaffung eines Sealers ist zwar etwas teurer, kann sich aber für Gruppen mit hohem PCR-Durchsatz lohnen, weil die laufenden Kosten niedriger sind als bei Klebefolien.

Alles weitere was Sie an Plastikmaterial für PCR und Real-Time PCR brauchen, finden Sie auf den nächsten Seiten.


(Erstveröffentlichung: H. Zähringer, Laborjournal 1-2/2008, Stand: Dezember 2007, alle Angaben ohne Gewähr)


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Letzte Änderungen: 09.02.2008